Combien touchez-vous pendant un arrêt maladie ?

Un arrêt de travail, et la question tombe tout de suite : va-t-on continuer à me payer ? La réponse dépend de deux sources de revenus qui se superposent, et dont l'une n'est acquise qu'à certaines conditions. Faisons le point, pour ne pas découvrir le trou sur le bulletin de paie.

Publié le 31 août 2026 par la rédaction 1 Clic 1 Emploi

L'essentiel. Pendant un arrêt maladie, la Sécurité sociale verse des indemnités journalières calculées sur vos trois derniers salaires bruts, après un délai de carence de trois jours. Un complément employeur peut s'y ajouter selon votre ancienneté et votre convention. Notre calculateur d'indemnités journalières chiffre les deux.

Premier étage : les indemnités journalières de Sécurité sociale

L'assurance maladie verse une indemnité journalière calculée à partir de votre salaire journalier de base, lui-même établi sur la moyenne de vos trois derniers salaires bruts précédant l'arrêt.

Deux limites encadrent ce calcul. D'abord, le salaire pris en compte est plafonné : au-delà d'un certain niveau de rémunération, l'indemnité n'augmente plus. Ensuite, l'indemnité correspond à une fraction de ce salaire journalier de base, ce qui signifie mécaniquement une perte de revenu pour la plupart des salariés.

S'y ajoute le délai de carence de trois jours, pendant lequel aucune indemnité n'est versée par la Sécurité sociale. Ce délai s'applique à chaque nouvel arrêt, sauf en cas de prolongation ou d'affection de longue durée.

Calculez vos indemnités journalièresVos trois derniers salaires bruts, la durée de l'arrêt et le type d'arrêt suffisent à obtenir l'estimation.

Deuxième étage : le complément employeur

C'est lui qui fait la différence entre un arrêt supportable et un trou dans le budget. La loi de mensualisation impose à l'employeur de compléter les indemnités journalières, sous conditions.

  • Une ancienneté minimale dans l'entreprise est exigée.
  • L'arrêt doit être justifié et transmis dans les délais.
  • Le complément est versé après un délai de carence propre, distinct de celui de la Sécurité sociale.
  • Le montant et la durée du complément progressent avec l'ancienneté.

Beaucoup de conventions collectives sont plus favorables que la loi, en supprimant la carence, en portant le complément à 100 % du salaire net, ou en allongeant la durée d'indemnisation. C'est un avantage considérable, et le premier réflexe est de vérifier votre texte de branche.

La subrogation, ou pourquoi vous ne voyez parfois rien passer

Deux circuits de paiement coexistent, et ils changent totalement votre expérience de l'arrêt.

Sans subrogationAvec subrogation
Qui verse les indemnitésLa caisse vous verse directementL'employeur maintient le salaire
Ce que vous percevezDeux versements distinctsUn seul virement, comme d'habitude
DélaiSouvent plusieurs semainesÀ la date de paie habituelle

La subrogation n'est pas obligatoire, sauf disposition conventionnelle. Si votre employeur ne la pratique pas, anticipez un décalage de trésorerie important sur le premier mois d'arrêt.

Accident du travail et maladie professionnelle : un régime plus favorable

Lorsque l'arrêt résulte d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle reconnue, les règles changent nettement en votre faveur.

  • Aucun délai de carence : l'indemnisation démarre dès le lendemain de l'accident.
  • Un taux d'indemnisation plus élevé, majoré après un certain nombre de jours d'arrêt.
  • Une protection renforcée contre le licenciement pendant la suspension du contrat.
  • Un régime spécifique en cas d'inaptitude à l'issue de l'arrêt, avec une indemnité de licenciement doublée.

La déclaration de l'accident dans les délais est donc déterminante. Nous détaillons les suites possibles dans notre article sur le licenciement pour inaptitude.

Ce que l'arrêt ne vous fait pas perdre

Un arrêt maladie suspend le contrat mais ne l'efface pas. Depuis 2024, les périodes d'arrêt pour maladie non professionnelle ouvrent droit à des congés payés, dans une limite annuelle. C'est un changement important, que tous les employeurs n'ont pas encore répercuté sur les compteurs.

L'ancienneté continue par ailleurs de courir pour l'essentiel des droits, et la protection sociale complémentaire est maintenue. Vérifiez simplement votre compteur de congés au retour, l'erreur est fréquente.

Questions fréquentes

Le délai de carence s'applique-t-il à chaque arrêt ?

Oui pour chaque nouvel arrêt, mais pas en cas de prolongation d'un arrêt en cours, ni pour les affections de longue durée dans certaines conditions. Beaucoup de conventions collectives le neutralisent via le complément employeur.

Puis-je être licencié pendant un arrêt maladie ?

Un licenciement motivé par l'état de santé est interdit. Un licenciement pour un autre motif reste possible, sauf pendant un arrêt consécutif à un accident du travail, où la protection est renforcée.

Les indemnités journalières sont-elles imposables ?

Oui pour les arrêts maladie ordinaires. Les indemnités versées au titre d'un accident du travail ou d'une maladie professionnelle ne sont imposables que partiellement.

Que se passe-t-il si je dépasse la durée maximale d'indemnisation ?

Un plafond de jours indemnisés existe sur une période donnée. Au-delà, d'autres dispositifs peuvent prendre le relais, notamment en cas d'affection de longue durée ou d'invalidité.